La crisis de la cuenca Matanza Riachuelo tiene su contraparte institucional. Desde la realización de inspecciones hasta la obligatoriedad de informar públicamente, la autoridad de la Cuenca Matanza Riachuelo (ACUMAR) ha incumplido todos los plazos.
En el último año la relación entre el estado de la  cuenca y la falta de controles  ha registrado un significativo crecimiento.
El 8 de Julio del 2008 la Corte Suprema de Justicia de la Nación sentenció a favor de diecisiete personas que ejerciendo derechos propios, y algunos de ellos también en representación de sus hijos menores.  La misma reconoce su condición de damnificados por la contaminación ambiental causada por la cuenca hídrica Matanza-Riachuelo, promoviendo demanda por las diversas pretensiones que especifican contra el Estado Nacional, la Provincia de Buenos Aires, el Gobierno de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires y cuarenta y cuatro empresas.

En el terreno de las obligaciones incumplidas las 4103 industrias no han sido inspeccionadas y tampoco se estableció un plan que se conozca donde claramente se fije al menos cronograma. El juez Federal de Quilmes instó a que se continúen las inspecciones hasta llegar a la totalidad de las mismas. En todos los casos los inspectores deberían identificar los agentes contaminantes en los procesos, los vuelcos y presentar un plan de tratamiento acorde. Bastante flexible para lo que es un delito. En referencia los más de 200 basurales a cielo abierto hasta la fecha no se han implementado los programas destinados a prevenir la formación de nuevos. A su vez la ACUMAR presentó un relevamiento de basurales y un programa de trabajo que prevé acciones hasta el año 2015, que resulta contradictorio con el ordenado por la Corte. Tampoco se han realizado  acciones para relocalizar a las personas que viven sobre basurales. Otro incumplimiento se registra en  lo que respecta a la información pública. Al respecto se ha creado una página Web de escaso a nulo contenido. A la lista se suma también los temas de salud de la población. En este sentido  ACUMAR dio cumplimiento a dos de los requerimientos puntuales establecidos en la sentencia de la Corte la elaboración de un mapa sociodemográfico y una encuesta de factores ambientales de riesgos.  El Cuerpo Colegiado evaluó que los mismos no son concluyentes para establecer la población en situación de riesgo, por lo que solicitó su mejora. El juez ordenó a la ACUMAR considerar las observaciones. Pasando en limpio lo que no se conoce es el diagnóstico base que permita discriminar patologías, ni verificar la prevalencia y supervivencia de tales patologías. Tampoco se han especificado medidas de vigilancia epidemiológica para las zonas de emergencia, ni se han implementado planes de respuesta sanitaria.