La C.A.R.U. está integrada por diez  Delegados, cinco  por cada país Parte. La Presidencia y Vicepresidencia es ejercida, por períodos anuales y en forma alternada, por los Presidentes de la Delegación de cada País.
El monitoreo conjunto de los niveles de contaminación industrial de la planta finlandesa fue dispuesto por la Corte Internacional de Justicia de La Haya, cuando en abril de 2010 falló en contra del pedido de Argentina de relocalizar la pastera, que consideraba peligrosa para el medioambiente.

Ambos gobiernos dispusieron en julio de 2010 que los controles tanto de la pastera como de otros establecimientos instalados en ambas márgenes del río se llevarían a cabo a través de la CARU y de un Comité Científico, que quedó integrado por tres especialistas de cada país. Sin embargo hasta el momento dos científicos renunciaron por lo que se reconoce en off disconformidad con datos y protocolos de los resultados anunciados y sus aplicaciones.

El doctor Alberto Nieto, integrante del Comité Científico uruguayo en el organismo binacional presentó su renuncia alegando razones de salud, pero evidentemente sería disconformidad por la forma en que están desarrollando las tareas respecto a los controles de la pastera UPM (ex Botnia). La dimisión de Nieto se suma a la primera renuncia que fue del ingeniero Juan Carlos Colombo, el 12 de julio y por lo cual, nombraron a Mabel Tudino a fines de septiembre en la delegación argentina.

La CARU está integrada por Argentina y Uruguay y por eso como Comisión Administradora siempre adolecerá la ausencia de Brasil que impide, en la práctica, articular políticas comunes territorialmente para una mejor defensa de la cuenca.

La ausencia de Brasil en la CARU, dado que el río Uruguay también comprende su territorio, produce un vacío importante. En julio de este año la delegación uruguaya en la Comisión Administradora del Río Uruguay (CARU) tenía los resultados de las primeras muestras tomadas por el comité científico binacional en UPM, que fueran enviados para su análisis a un laboratorio canadiense. El tema de disputa es la temperatura del agua. Según trascendidos la misma superan los treinta grados del lado Uruguayo, cuando en el río Gualeguaychú el máximo es de doce grados".